Вопрос о субстанции представляет собой, главным образом, вопрос о бытии – ядро метафизики. Согласно античной метафизике, субстанции многочисленны, многообразны и иерархически упорядочены, и Декарт высказывался в пользу многообразия субстанций. В «Основах философии» он определил субстанцию как «вещь, для существования которой не нужно ничего другого, кроме нее самой». Однако понимаемая так субстанция может быть только высшей реальностью, Богом, ведь созданные вещи не могут существовать, если их не поддерживает могущество творца. Тогда Декарт ввел второе понятие субстанции, и, следовательно, поддерживая концепцию множественных аналогичных субстанций, согласно которой все как материальное, так и духовное, также может считаться субстанцией, «поскольку является реальностью, нуждающейся для своего существования только в участии Бога». Двусмысленность Декартова решения очевидна, так как нельзя, будучи последовательным, утверждать, что: а) субстанция не нуждается для своего существования ни в чем, кроме себя самой; б) субстанция – это также и творения, не нуждающиеся для своего существования ни в чем, кроме помощи Бога. Формально эти два определения исключают друг друга.

По Спинозе, существует только одна субстанция, которая есть Бог. Бог является единственно существующей субстанцией, ибо «все, что есть, существует в Нем, а без Бога ни одна вещь не может ни существовать, ни быть понятой», а также «все, что происходит, случается единственно по законам бесконечной Божественной природы и следует из ее необходимой сущности».

Хотелось бы привести в качестве примера отрывок из «Рассуждения о метафизике», где Лейбниц говори следующее: «У Бога достанет умения создать машину в тысячи раз более хитроумную, чем механизм нашего тела, при помощи лишь нескольких довольно простых жидкостей, составленных так, чтобы обычных законов природы оказалось достаточно для необходимого дальнейшего развития организма с целью произвести такое восхитительное следствие. Истина же в том, что ничего этого не случилось бы, - не будь создателем Бог».

Бэкон же говорил о том, что субстанция, качество, действие, пассивность и даже бытие не являются точными понятиями, еще менее таковы тяжелое – легкое, густое – редкое, влажное – сухое, порождение – разрушение, притяжение – отталкивание, элемент, материя – форма и т.д.; это все выдуманные и плохо определяемые понятия. «Цель нашей науки в том – пишет Бэкон – чтобы открывать не аргументы, а искусства, не следствия, вытекающие из сформулированных принципов, но и сами принципы».