В средневековой философии наблюдались два метода философствования: мистический и схоластический. Мистический наиболее характерен для патристики (от лат. патрес - отцы, подразумевается - отцы церкви) - ранней христианской философии (I-VII) вв.), схоластический (от лат. схола - школа) характеризовал второй период христианской философии (VIII-XV вв.).

В основе МИСТИЦИЗМА (от греч. мистикос - таинственный) лежало учение о божественном проникновении в человеческое познание. Это учение берет свое начало в философской системе крупнейшего представителя средневековой патристики АВРЕЛИЯ АВГУСТИНА (354-430). По его мнению, ни человеческая душа, ни веши сами по себе не содержат света. Они светятся отраженным светом. Все видимо, все реально только через Бога. Бог - это солнце, которое само невидимо, но делает все остальное видимым.

Не учением человеческим, утверждал Августин, а внутренним светом, а также силой высочайшей любви мог Христос обратить людей к спасительной вере. Религиозная вера, согласно его воззрениям, не предполагает обязательного понимания тех или иных положений религии. Она не требует никаких доказательных аргументов. Надо просто верить.

Вместе с тем Августин отчетливо осознавал ту важную роль, которую играло рациональное познание. Поэтому он не отрицал необходимость усиления веры доказательствами разума, ратовал за внутреннюю связь веры и разума. Послушный религии разум и подкрепленная разумными доводами вера - таков идеал августиновской  апологетики (от греч. апологеомай - защищаю, подразумевается защита христианского вероучения). Однако представленная Августином теория о Гармонии веры и разума исключала какую-либо возможность поставить веру в зависимость от разума. Решающую роль в его системе, без всякого сомнения, играло откровение (в представлении верующих открытие божеством сверхъестественным способом - знамение, видение и др. - своей воли или каких-либо божественных истин).

Наряду с мистицизмом, огромным влиянием в средневековой философии пользовалась СХОЛАСТИКА - философия, приспособленная для обучения народных масс основам христианского мировоззрения. Она сформировалась в период абсолютного господства христианской идеологии во всех сферах общественной жизни Западной Европы. и являлась наследницей традиций христианской апологетики, прежде всего философии Августина. Ее представители стремились создать стройную систему христианского мировоззрения. В ней наличествовала иерархия сфер бытия, на вершине которой располагалась церковь. Одним из самых характерных признаков схоластического метода философствования являлся авториторизм. Схоластов, в частности, не волновало происхождение  тех или иных положений, которыми они оперировали. Для них главным было одобрение этих положений авторитетом церкви.

В период расцвета схоластики (XI-XII вв.) на авансцену идейной борьбы вышла светская культура. Церковь со временем перестала быть абсолютным носителем образования и образованности. В этих условиях зародилось свободомыслие. Оно складывалось как движение за десакрализацию (от лат. сакрум - священный)  определенных сфер жизнедеятельности человека, за признание их автономии по отношению к религии и церкви.

Свое наивысшее выражение идеология средневекового свободомыслия нашла в ТЕОРИИ ДВУХ ИСТИН или "ДВОЙСТВЕННОЙ ИСТИНЫ". Эта теория переносила проблему соотношения веры и разума в область взаимоотношений теологии и философии. Суть ее сводилась к учению о разделении философских и богословских истин, согласно которому истинное в философии может быть ложным в теологии и наоборот. Другими словами, это была попытка утвердить независимость науки и философии от теологии, признать их равноправное существование.

Руководство церкви всполошилось и обязало католических теологов найти средства противодействия влиянию свободомыслия, учитывая при этом возросший авторитет науки и философии. Наилучшим образом, с точки зрения церкви, поставленную задачу решил ФОМА АКВИНСКИЙ (1225-1274). Не случайно вскоре после смерти философа его учение католицизм признал в качестве официального.

Краеугольным камнем всей громадной философско-теологической системы Фомы являлась НОВАЯ, в сравнении с Августином, ВЕРСИЯ ТЕОРИИ О ГАРМОНИИ ВЕРЫ И РАЗУМА. Он провозгласил, что вера не должна противоречить разуму. Разум и вера направлены к познанию одной и той же истины - Бога, но делают это по-своему. Разум опирается на науку и философию, вера - на теологию. Возможность гармонии веры и разума базируется на том факте, что Бог открывается человеку двумя путями: естественным - через сотворенный мир - и сверхъестественным - через откровение.

Проведя границу между разумом и верой, Фома отделил науку и философию от теологии и тем самым обосновал их относительную самостоятельность. Но такая обособленность, по его мнению, отнюдь не означала полного отделения веры от знания и знания от веры. Фома не признавал теорию "двух истин". Согласно его учению, в науке и философии не может быть признано истинным то, что с точки зрения теологии является ложным. В случае конфликта между ними приоритет отдавался истинам откровения, превосходящим любые рациональные доказательства.

Фома, таким образом, признавал ценность научного звания, рациональных доказательств, но в то же время сохранял контроль теологии над наукой и философией. Теология, по его утверждению, исходит из Бога и нисходит к его творениям. Философия же восходит к Богу от его творений, т.е., как и теология своим особым путем ведет к знанию Бога и, следовательно, дополняет теологию. Знания Бога, даваемые философией, косвенны и относительны, знания же Бога, даваемые теологией, абсолютны.