Систематизировал схоластику Фома (Томас) Аквинский (1225-1274) – видный философ, именем которого было названо одно из господствующих направлений философии католической Церкви – томизм. В 1878 г. его учение было объявлено официальной философией католицизма, а со второй половины XIX в оно становится основой неотомизма, являющегося одним из мощных течений в современной религиозно-философской мысли.

В своих трудах он, опираясь на труды Аристотеля, рассматривает бытие как возможное и как действительное Бытие – это существование единичных вещей, что и есть субстанция. Материя - это возможность, а форма - действительность. Используя идеи Аристотеля о форме и материи, он подчиняет им учение о религии. Он утверждает, что материальное без формы не существует, а форма зависит от высшей формы - Бога. Бог же - существо духовное. Только для телесного мира необходимо соединение формы с материей. Но материя пассивна, активность ей дает форма.

Отстаивая идею божественного творения мира, Фома Аквинский утверждал также, что сама эта идея означает возможность для творца совершить и  обратный процесс. Это значит, что мир имеет не только начало во времени, но и конец. Отсюда следовал его вывод о незначительности, т.е. ничтожности всего материального.

Фома предложил свои пять доказательств существования бога, которыми пользуется и современная католическая церковь:

1) Все, что движется, движимо кем-то, следовательно, есть и  перводвигатель всего – Бог;

2) Все, что существует, имеет причину, следовательно, есть и первопричина всего – Бог;

3) Случайное зависит от необходимого, следовательно, первоначальной необходимостью является  Бог;

4) Все, что существует, имеет различные степени качества, следовательно, должно быть высшее качество –  Бог;

5) Все в мире имеет цель, или смысл – значит, существует разумное начало, которое направляет все к цели –  Бог.

В споре номиналистов и реалистов философ отстаивал позицию умеренного реализма, полагая, что универсалии имеют троякое существование: они существуют до вещей (в уме Бога), в вещах (как в творениях Бога) и после вещей (в словах человеческого языка).

Рассматривая проблему соотношения веры и знания, религии и науки Аквинат разрабатывает учение о двойственности истины. Отдавая первенство религиозной истине (истине откровения), он в то же время признавал большую значимость научных истин (истин разума), призванных объяснить сотворенный мир и тем самым помочь в познании самого Творца. Концепция двойственной истины открывает новый этап в развитии философии – начало освобождения ее от религиозного контроля.

Рассматривая проблемы общества, Фома рассматривает государство как божественное установление, главная цель которого в том, чтобы поддерживать в обществе мир, порядок и добродетель. Он выделял пять форм государственного устройства, лучшей из которых считал монархию. Однако, полагал он, если монарх становится тираном, то народ имеет право свергнуть его. Но это возможно только с церковного благословения тогда, когда деятельность монарха противоречит целям и интересам церкви.