Философско-методологический анализ не ограничивается  анализом оснований научного познания. Важным является анализ сущности, специфики методов научного познания, анализ стадий развития научного знания.

Метод научного познания представляет собой систему норм, правил, регламентирующих познавательную деятельность, направляя ее на приращение нового научного знания. Метод является системой нормативного знания  и содержит предписания субъекту (что и как он должен делать, чтобы добиться поставленной цели). Метод должен учитывать закономерности того фрагмента реальности, в котором он будет "работать" как некое инструментальное средство субъекта. Эти объективные закономерности,  познанные, отображенные в форме научного знания, выражаются в теории. Таким образом, теория является основанием для метода, метод строится на основе теории. В отличие от метода, теория не содержит предписаний, являясь ненормативной системой знания, цель которой ответить на вопрос: что представляет собой исследуемой фрагмент реальности с точки зрения его сущностных характеристик.

Выделяют группу, так называемых, общечеловеческих методов, которые используются на эмпирическом и теоретическом уровнях, а также в других формах познания (обыденном, художественном и т.п.). К ним относят анализ и синтез, индукцию и дедукцию, абстрагирование, моделирование, метод аналогии.

К методам, применяемым на эмпирическом уровне познания, относят наблюдение, измерение,  эксперимент. К теоретическим методам относят методы идеализации, формализации, восхождение от абстрактному к конкретному, исторический и логический и др. Ограниченность объема не позволяет дать характеристику перечисленных методов.

Методы выполняют в познании инструментальную функцию средств, с помощью которых добывается научное знание. Что касается добываемого продукта (научное знание), то знание не сразу приобретает характер развитого, зрелого знания. Прежде чем достичь состояния достоверного, систематического  знания, раскрывающего сущность исследуемых явлений (теория), знание проходит некие этапы, фазы, стадии своего "вызревания". Эти этапы в методологии называют формами научного познания. Высшей формой, как уже отмечалось, является теория.

На эмпирическом уровне с помощью наблюдения и эксперимента субъект получает научное знание  прежде всего в форме эмпирических фактов. Факт как форма научного познания не является таким простым, как кажется на первый взгляд. Можно выделить несколько стадий в формировании эмпирического факта. Первая стадия - получение данных наблюдения. Данные наблюдения - это зафиксированные в логической знаковой форме показания приборов, т.е. результатов наблюдения, измерения, эксперимента. В данных наблюдения содержится информация об интересующем явлении, объекте. Однако, эта информация отягощена различными искажающими факторами (ошибки органов чувств наблюдателя, ошибки приборов, случайные внешние воздействия и т.п.). Поэтому на второй стадии происходит очищение полученных данных наблюдений от отмеченных погрешностей. Это достигается путем серии экспериментов и наблюдений и нахождении инвариантного содержания данных наблюдения, в которых уже будет содержаться адекватная информация об объекте. Однако, эта объективная информация ещё не эмпирический факт. Эмпирический факт образуется на третей стадии, когда эта достоверная, объективная информация получает теоретическую интерпретацию с помощью имеющихся знаний. Эта интерпретация  "дает имя" достоверной информации, превращая ее в достоверное знание (эмпирический факт).Иными словами, факт -достоверное знание, констатирующее, что произошло определенное событие, обнаружено определенное явление и т.п. но не объясняющее, почему это произошло. Если полученное знание (факт) вступает в противоречие с устоявшимися представлениями, возникает проблема.

Проблема  - это форма научного познания, в которой фиксируется знание о каких-то вновь обнаруженных, неизвестных сторонах исследуемого объекта, которые не могут быть объяснены с помощью имеющегося знания. Проблема всегда предполагает и фиксирует достигнутый уровень знаний об объекте. Если этих знаний нет, то нет и проблемы. Если в процессе формулировки проблемы выясняется, что возникшее противоречие, трудность могут быть решены с помощью имеющихся знаний, то проблема превращается в задачу. Если же оказывается, что трудность носит принципиальный характер, требует выработки нового знания, то это собственно проблема.

Новое знание, которое призвано  решить проблему, первоначально принимает форму гипотезы. Гипотеза как новое знание вероятностного характера не может быть логически непрерывным путем получена из старого знания. Генерация гипотезы - это процесс творческий, неалгоритмизируемый, в котором  задействованы  нерациональные моменты, в частности интуиция. Рождение нового знания первоначально в форме идеи, т.е. догадки - предположения  - это своеобразное озарение (инсайт) - результат взаимодействия рациональных  и нерациональных процессов в познании. Эрудиция, кругозор, методологическая культура мышления способствуют научному творчеству, выдвижению гипотезы. Если из гипотезы вытекают следствия, которые носят характер предсказаний относительно каких-то неизвестных явлений, свойств и т.п. и в эксперименте это подтверждается, то гипотеза превращается из вероятностного знания в достоверное, т.е. в теорию.